Si el niño es un lactante o tiene pocos años de edad, los síntomas pueden ser poco claros, además es difícil de saber ya que el niño no puede decir como lo que siente. Puede tener fiebre alta, irritabilidad y pérdida de apetito.Algunas veces puede tener fiebre no muy alta, nauseas y vómitos, o solamente no sentirse bien. La orina del pañal puede oler manera diferente. Si aparece fiebre alta sin síntomas de resfriado o alguna otra causa evidente que la justifique, puede ser necesario que se realice un análisis de orina para descartar esta causa.

En niños mayores con irritación de la vejiga, pueden quejarse de dolor en el abdomen inferior o área pélvica y es probable que tenga que orinar con mucha frecuencia. Si el riñón es el infectado puede tener dolor en el flanco, debajo de las costillas o en la parte baja de la espalda, también por debajo de las costillas. Otros síntomas son dolor al orinar o tener muchas ganas de orinar y solo hacer algunas gotas, dificultad en controlar las micciones, e incluso se pueden escapar algunas gotas de orina en la ropa interior o en la cama. La orina puede tener aspecto turbio y oler de forma diferente.